Το Αυτοτελές Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου ασκεί τις παρακάτω αρμοδιότητες:
1. Συντάσσει και αναθεωρεί το Εγχειρίδιο Εσωτερικών Ελέγχων, το οποίο εγκρίνεται από τον επικεφαλής του φορέα.
2. Καταρτίζει Ετήσιο ή Πολυετές Πρόγραμμα Εργασιών,λαμβανομένων υπόψη των στρατηγικών και επιχειρησιακών προτεραιοτήτων του φορέα, καθώς και της αξιολόγησης των κινδύνων και των ευκαιριών του φορέα.
3. Σχεδιάζει και διενεργεί προγραμματισμένους και έκτακτους ελέγχους επί του συνόλου των υπηρεσιών του φορέα, των λειτουργιών, των συλλογικών οργάνων αυτού, των διαδικασιών του, των εκτελούμενων έργων,καθώς και των πληροφοριακών του συστημάτων, όπως αυτά εντοπίζονται μέσω της διαδικασίας αξιολόγησης και ιεράρχησης των κινδύνων που απειλούν τη λειτουργία τους, σύμφωνα με τις πιθανότητες εκδήλωσης του κινδύνου και τις ενδεχόμενες συνέπειές του.
4. Παρέχει συμβουλευτικά έργα επί του συνόλου των υπηρεσιών του φορέα, των λειτουργιών, των συλλογικών οργάνων αυτού, των διαδικασιών του, των εκτελούμενων
έργων, καθώς και των πληροφοριακών του συστημάτων.
5. Ελέγχει και παρέχει διαβεβαίωση περί της επάρκειας του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου του φορέα και εισηγείται σχετικές βελτιωτικές προτάσεις.
6. Παρέχει συμβουλευτικές υπηρεσίες.
7. Αξιολογεί τη λειτουργία του φορέα βάσει των αρχών της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης.
8. Ελέγχει την ορθή εφαρμογή των διαδικασιών εκτέλεσης του προϋπολογισμού, σύνταξης και αποστολής στο Υπουργείο Οικονομικών των δημοσιονομικών και λοιπών αναφορών, καθώς και διενέργειας των δαπανών και διαχείρισης της περιουσίας του οικείου φορέα για τον εντοπισμό τυχόν ενδείξεων φαινομένων κακοδιοίκησης,
κακοδιαχείρισης, κατάχρησης, σπατάλης ή απάτης, καθώς και εάν ο φορέας αναπτύσσει κατάλληλες δικλίδες για την αποτροπή τους στο μέλλον.
9. Ελέγχει και αξιολογεί τις διαδικασίες κατάρτισης των οικονομικών και μη αναφορών του φορέα.
10. Αξιολογεί τις διαδικασίες σχεδιασμού και εκτέλεσης των λειτουργιών και των προγραμμάτων του φορέα.
11. Ελέγχει τη συμμόρφωση του φορέα προς την ισχύουσα νομοθεσία, τους κανονισμούς και τις πολιτικές που διέπουν τη λειτουργία του.
12. Ελέγχει τα πληροφοριακά συστήματα ως προς την αποτελεσματικότητά τους για την επίτευξη των στόχων του φορέα.
13. Παρακολουθεί, αξιολογεί και επιβεβαιώνει τις διορθωτικές ή βελτιωτικές ενέργειες που πραγματοποιούνται από τις υπηρεσίες του φορέα σε συμμόρφωση με τις
προτάσεις του εσωτερικού ελέγχου, μέχρι την οριστική υλοποίησή τους.
14. Καταρτίζει Ετήσια Έκθεση με Γνώμη.
15. Γνωστοποιεί αμελλητί στις αρμόδιες υπηρεσίες και στον πειθαρχικό Προϊστάμενο, σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις, τυχόν ενδείξεις απάτης ή έλλειψης ακεραιότητας ή πειθαρχικής ευθύνης υπαλλήλων.
16. Μεριμνά για την εκπαίδευση και την επιμόρφωση των εσωτερικών ελεγκτών.
